En 1964, poco después de la Crisis de los Misiles de Cuba, un agente de la CIA conocido como Naked Snake es enviado para infiltrarse en la Unión Soviética con el objetivo de rescatar a Nikolai Sokolov, científico secuestrado por Volgin que quiere hacerse con el Shagohod (Arma nuclear con capacidad de lanzar bombas nucleares desde cualquier lugar del mundo). Zero, Paramedic, Sigint y The Boss se ocupan de realizar esta misión.
Durante el rescate, The Boss deserta de Estados Unidos y entrega dos cabezas nucleares portatiles a Volgin, que planea derrotar a Krushchev. The Boss rompe el brazo a Naked Snake y le lanza al rio Dolinovodno desde el puente. Volgin destruye una zona boscosa donde se encuentra el laboratorio de Sokolov. En ese momento descubrimos que un joven estratega militar ruso conocido como Revolver Ocelot se a unido a Volgin.
Tras recuperarse Naked Snake, el presidente de los Estados Unidos recibe una llamada de Krushchev que les convence para eliminar a Volgin, pues es aliado político de Brezhnev (Brezhnev es un enemigo político de Krushchev). Naked Snake es enviado de nuevo a Rusia en la misión Snake Eater con diversos objetivos:
- Rescatar a Sokolov
- Destruir el Shagohod y Matar a Volgin
- Matar a The Boss (la madre espiritual de Naked Snake)
A Naked Snake se le asciende a leyenda viviente y se le pone el sobrenombre de Big Boss y el, por su cuenta, crea la unidad de fuerzas especiales FOXHOUND. En realidad The Boss queria conseguir el microfilm y resulta que Ocelot era un espia de los Estados Unidos, que consigue el verdadero microfilm y deja que The Boss coja uno falso. Big Boss, Zero, Eva, Sigint y Ocelot, conmovidos por el sacrificio y los ideales de The Boss entienden mal sus ideales y crean la organización conspiratoria Los Patriots (Los Patriotas).
Con el tiempo, Big Boss (que ha desarrollado ideas anarquistas) empieza a sentirse manipulado por su mejor amigo, Zero. Zero busca el control de la sociedad, desea que las leyes sean duras y persistentes, mientras que Big Boss quiere la libertad mas extrema, la muerte de todas las reglas y leyes. Al darse cuenta Zero de la tensión entre ellos crea el proyecto Les Enfants Terribles.
Luego del interrogatorio, Snake logro escapar de la prision con la ayuda de otro preso, Roy Campbell, el unico sobreviviente de un equipo de EE.UU. los Boinas Verdes, enviados a investigar la peninsula. Campbell, al reconocer a Snake como el "Big Boss", le comento que se habia convertido en una leyenda en el mundo de las Operaciones Encubiertas, y le explico que la peninsula fue el sitio donde los Sovieticos contruyeron un Silo de Misiles, que posteriormente abandonaron. Los sovieticos crearon la base en secreto, despues de ayudar a los rebeldes de las FARC en 1964, despues de que no pudo hacerlo en Cuba por la Crisis de los Misiles. Sin embargo, los planes de construccion de la base fueron cancelados debido a la firma del tratado SALT, que limitaban el numero de misiles nucleares de los EE.UU y la URSS, eliminando la necesidad de esta base. Sin embargo, la actividad de la base se habia reiniciado recientemente, por lo que se enviaron a los Boinas Verdes a investigar. Pero FOX los embosco. Snake intento liberar a Campbell, pero su celda requiere una clave especial. Campbell le dice a Snake que valla a la Base de Comunicaciones para enviar un SOS a traves de un mensaje cifrado.
Snake a continuacion, trato de ponerse en contacto con su antiguo oficial al mando, Major Zero, pero fue recibido por sus compañeros, Para-Medic y Sigint. Se revelo que el y Zero se les acusaba de instigar la revuelta de FOX, asi como de robar un prototipo de arma militar hace un mes. La única forma de que Snake limpie sus nombres seria de encontar y capturar al lider de la rebelion, del cual no se conoce su identidad. La unidad FOX ha unido a sus fuerzas a los soldados del Ejercito Rojo de la Base bajo su control. Sigint le sugirio a Snake que intentara cumplir su mision mediante el reclutamiento de algunos de los soldados.
Despues de regresar al centro de detencion para liberar a Campbell, le informo de la situacion. Tambien le pidio a Campbell si estaba dispuesto a ayudar, pero el le dice que tiene una pierna fracturada y fiebre. Snake, junto con Campbell, robaron un Camion. Los dos, posteriomente, hicieron revision de lo que debian hacer primero. De acuerdo con la informacion de Campbell primero tenian que buscar informacion en la Base de Patrullaje Sovietico. Sabian donde estaban ubicada, asi que se pusieron manos a la obra.
Snake procedio a infiltrarse en la Base de Patrulla, donde escuho a dos soldados discutiendo sobre un Arma, supuestamente lo suficientemente potente como para destruir todas las ciudades importantes de Rusia. Se las arreglo para robar unos documentos secretos, confirmando que FOX tenia la intencion de utilizar esta arma secreta contra Rusia, junto con los detalles del Plan de Lanzamiento. Snake no estaba de acuerdo, y que aun suponiendo que era real, seria una distraccion para fortalezer su posicion. Al final, el y Campbell se vieron a asumir que era verdad, y que desataria una crisis mundial.
El problema es que solo eran dos, contra el Ejercito Rojo y FOX. Campbell le dijo a Snake, basandose en lo que dijeron los soldados, que no todos estaban de acuerdo con el comandante de la Base, por lo que le sugiere que reclute a algunos soldados enemigos a su causa. Snake esta de acuerdo, y toma la desicion de buscar a un potencial recluta, y convencerle a unirse a su resistencia. Campbell tambien le informo el nombre del Comandante de FOX, Gene.
Snake rapidamente captura a un soldado sovietico, llamado Jonathan. Al recuperar la conciecia, Jonathan, intento escapar quitandole la pistola a Campbell, pero antes de poder disparar, Snake le inmovilizo. Snake se presento, diciendole que el era solo un soldado, que no estaba ni con los americanos ni con FOX, y que estaban aqui para detener la rebelion de FOX. Su mision era liberar a los soldados de la peninsula del control de Gene, y detener a los traidores en la Unidad FOX. Campbell le pregunto si estaba dispuesto a participar, pero Jonathan se rio, y le dijo que no se unieron a Gene porque los obligase, sino no porque su Pais los habia traicionado. Los soldados del Ejercito Rojo habian pasado años en la peninsula, debido a lo confidencial de su mision, sin tener comida decente y con un clima riguroso. Muchos habian muerto, pero se quedaron creyendo que sus esfuerzos eran por el Bien de la Madre Patria, pero fueron recompensados con una "puñalada por la espalda".
Campbell comento que, su la existencia de la base fuese revelado, la posicion de Moscu frente al tratado SALT se veria comprometida. Sin embargo, Jonathan respondio que su unidad no se preocupaba de las razonez polticas, que ellos se vieron obligados a quedarse. Se unieron a Gene porque el queria crear una nacion de soldados, pero que para ellos, y la razon por la que le son leales a Gene, es que les dara justicia, y que lo unico que temen es perder esa justicia. Snake le dijo que un soldado profesional nunca se debe preocupar de la justicia, sino solo de la mision; que la politica es soluble, y que la unica razon que necesitan para luchar es por lealtad a ellos mismos. El cita el sacrifio de The Boss. Al escuhar esto, Jonathan se da cuenta que Snake es Big Boss, el heroe que derroto al Coronel Volgin en Groznyj Grad, por lo que finalmente se decide unir a ellos, no como mienbro del Ejercito Rojo, sino como Soldado.
Posteriormente, la condicion de Campbell empeoro, y se dieron cuente que podria haber contraido la malaria. Los medicamentos preventivos que habia tomano no estaban trabajando, asi que Snake se colo en la Base de Comunicaciones para contactar a Para-Medic. Ella llego a la conclusion de que la malaria podria ser de un tipo que las drogas no tienen efecto, pero por suerte, uno de los Soldados reclutados conoce la ubicacion de un hospital al que recientemente le habian enviado un sospechoso cargamento. Despues de hacer su camino, pronto descubrieron que las drogas se habian agotado, y que lo unico que quedaba habia sido trasladado a un laboratorio al norte del Hospital. Mientras tanto, Cunningham habia descubierto que Snake y Campbell se habian escapado, y ordeno a un equipo de busqueda que los encontrase; Mientras, el se encontraba sobrevolando en helicoptero junto a una misteriosa mujer rubia, que desde lejos ve a Snake, que se tiene que cubrir para no ser descubierto. Snake y su grupo se acercan luego a Cunningham, Gene y a la misteriosa mujer y los observan. Gene le habla a la mujer sobre el estado de un soldado llamado Null. De repente, la mujer sintio que algo malo pasaria, y sus predicciones se cumplieron y unos andamios que usaban para construir un helipuerto se derrumbaron frente a Gene y compañia. Un soldado termino lesionado y trato de disculparse, aunque Gene le perdono y lo envio al hospital. Le pidio disculpa a los soldados, por hacer que parezca como si el trabajo era mas importante quesu bienestar, y expreso que la era de que los soldados fuesen utilizados como herramientas habia llegado a su fin.
Snake y su grupo finalmente entra furtivamente al Laboratorio de Investigacion, donde la misteriosa mujer que Snake vio estaba en un cuarto con un tanque de cultivo. Despues de esconderlo de unos soldados que buscaban a los intrusos, la mujer se presento como Elisa, y Snake le pregunto si era parte de FOX, a lo que ella respondio que solo era medico, y que su hermana gemela, Ursula, era la que formaba parte de FOX. Ella le dijo a Snake que Ursula fue uno de los psiquicos mas poderosos del Bloque Comunista. Snake le pregunto a Elisa acerca del soldado del tanque de Sultivo, y ella le explico que era Null, el "Soldado Perfecto". Incapaz de tener emociones o dudas, ya que su memoria era reinicida despues de cada mision, causando que tuviera sentidos mas poderosos. Elisa le entego a Snake un paquete para tratar la malaria, y le dijo que dirigiendose al puerto encontraria lo que buscaba. Antes de irse, Elisa le advirtio a Snake que si alguna vez veia a Ursula, le disparase, ya que si no lo hacia, moriria.
Durante su pelea con Gene, Big Boss descubrió que todo lo que le había pasado desde la misión Virtuosa había sido una trampa planeada, según Gene, por un brillante estratega. Durante una escena Gene llama a Ocelot y le dice que sabe quien le ha dado la información, un hombre con el mismo nombre en clave que Null. Gracias a Metal Gear Solid 4, es de suponer que esa persona es Zero.
Años más tarde del Incidente de la Península de San Jerónimo, Big Boss cayó en coma, probablemente después de rescatar a su hijo adoptivo Gray Fox de un campo vietnamita, el gobierno de los E.E.U.U. decidió tomar una muestra de ADN de Big Boss para estudiar su estructura genética y para reproducirlo para acabar el proyecto Les Enfants Terribles. En el proyecto, no se creó un super soldado, sino uno de los hijos de Big Boss portó los genes recesivos de Big Boss (Solid Snake), otro portó todos sus genes dominantes (Liquid Snake), y el tercero era un equilibrio perfecto de los genes dominantes y recesivos de Big Boss (Solidus Snake). Al darse cuenta Big Boss de esta traición, abandona a los recien fundados Patriots.
PEACE WALKER EN CONSTRUCCION...
El plan empieza en 2005 donde Liquid Snake y su ejercito atacan Shadow Moses, lugar donde los Patriots están fabricando el Metal Gear Rex en secreto. Roy Campbell, sin saber que esta bajo el control de los Patriots, manda a Solid Snake, y antes de la misión, Naomi Hunter le inyecta el Foxdie sin que lo sepa, un virus que mata a gente cuyo ADN este determinado (esto significa que, Naomi, contratada por Eva, es utilizada para acabar con los Patriots), esta era la venganza de Naomi al creer que Snake mató a Frank Jaeger en Zanzibarland. El objetivo de Snake es liberar a los rehenes y matar a Liquid Snake.
El incidente también fue un plan del presidente de los Estados Unidos, George Sears (alias Solidus Snake) que queria hacerse con el Metal Gear para acabar con la opresión de los Patriots. Mandó a Ocelot a que se hiciera con el disco de datos de Shadow Moses, pero Ocelot sigue tambien sus propios objetivos.
Para poder hacerse con los códigos del Metal Gear que permitiran su uso, Liquid debe interrogar a sus creadores: Donald Anderson (Sigint) y Kenneth Baker (Presidente de At Security) que en realidad son miembros de los Patriots. Ocelot mata a Donald Anderson, pues si reconoce a su compañero Patriot tendrá problemas. Para obtener los códigos, Decoy Octopus debe hacerse pasar por Donald Anderson para hablar con Solid Snake, pero este no sabe los códigos y Decoy Octopus acaba muriendo por el FOXDIE.
Liquid Snake se hace con los códigos especiales y activa el Metal Gear. En la batalla final, Jaeger se sacrifica destruyendo las defensas del Metal Gear y Liquid muere por causa del FOXDIE de Solid Snake. Tras un acuerdo de desarme nuclear, George Sears (Solidus Snake) desaparece de la vida pública.
En realidad la planta guarda en su interior al Arsenal Gear que guarda el servidor central de los Patriots (llamado también GW) creado por Emma Emmerich. Solidus, Ocelot y su ejército se infiltran para hacerse con el GW y combatir a los Patriots, pero estos Patriots ya habian anticipado esto. Olga Gurlukovitch, utilizada por los Patriots cuando secuestran a su hija recien nacida a cambio de que frustre los planes de Solidus, para esto, roba el traje de cyborg ninja que una vez perteneció a Frank Jaeger. Las conversaciones de codec de Raiden también fueron manipuladas. Los Patriots utilizan a Solidus, su ejército y a Olga para la simulación.
Solid Snake, Otacon y Ocelot son los únicos ajenos a esta simulación y son los que se la cargan y Emma Emmerich logra probocar grandes daños en el GW con un virus que ella ha creado. Poco antes de que el virus de Emma sea introducido por Solid Snake y Otacon, Emma muere asesinada por Vamp. Olga es asesinada por Solidus Snake y Raiden, cumpliendo los deseos de los Patriots acaba matando a Solidus Snake.
Ocelot tan solo finge ser Liquid para engañar a los Patriots. Una buena estrategia. Ahora solo queda vivo un único miembro de los Patriots, y ese es Zero.
Mientras tanto, Solid Snake sufre un envejecimiento acelerado y ya se ha hecho mas mayor de lo normal, y no se sabe la causa. Roy Campbell le manda a una misión en Oriente Medio con el objetivo de matar a Liquid Ocelot (apodado asi por hacerse pasar por Liquid) que se ha hecho con el control del sistema SOP.
Drebin (utilizado por los Patriots para ayudar a Solid Snake y vencer a su enemigo comun), vendedor de armas inyecta a Snake nanomaquinas represoras cuya función es la de bloquear los efectos de las antiguas nanomáquinas que le introdujeron permitiendole usar armas bloqueadas.
Por el camino se encuentra con Rat Patroll Team 01, unidad que investiga si Liquid Ocelot supone una amenaza y que esta liderada por Meryl Silverburgh y entre sus soldados se encuentra Johnny Akiba. Rat Patroll también esta siendo utilizada por los Patriots sin ellos darse cuenta, la única diferencia es que Drebin si trabaja para ellos.
Solid Snake pierde la oportunidad de matar a Liquid Ocelot cuando los soldados empiezan a gritar y a ser violentos entre ellos y algunos de ellos sufren extraños efectos, ademas, Solid Snake empieza a marearse y a sentirse mal. Se desmaya pero Akiba le rescata de aquel lugar.
Naomi hace un análisis a Snake para determinar que le ocurre. Su vejez veloz es una faceta biológica inevitable de su clonación y tan solo le quedan 6 meses de vida. Fue creado asi para evitar que su ADN pudiera duplicarse, por eso fue creado esteril y con un pronóstico de vida breve. Segun se cree en tan solo 3 meses el FOXDIE del cuerpo de Snake mutará y empezará a contagiar a todos los humanos.
El verdadero objetivo de Liquid Ocelot, al que llama "Guns of the Patriots" consiste en hacerse con el sistema para el mismo. Vuelve a probar los efectos del SOP y en la confusión Naomi y Snake escapan con ayuda de Drebin, y mas tarde, con la de Raiden convertido en cyborg ninja, que destruye varios Metal Gear Gekko sin pestañear. Raiden acaba malherido de gravedad y tras la batalla contra Vamp, le explica a Snake que debe visitar a Big Mama en Europa del Este.
En Europa, Big Mama explica a Solid Snake que Ocelot y ella han creado una batalla para acabar con Zero. Le explica también que los Patriots intentaban hacerse con el control absoluto del mundo mediante las Inteligencias artificiales: GW (no destruida del todo), TJ, AL y TR, controlados todos por JD.
El virus de Emma Emmerich solo desfragmentó GW dividiendolo en las anteriores Inteligencias Artificiales. Utilizando el código genético de Big Boss en GW, podrá hacerse con el control del sistema de los Patriots. Naomi y Sunny acaban haciendose muy amigas.
Liquid Ocelot consigue el cuerpo de Big Boss, el cual luego consume el fuego. Liquid se hace con el control del sistema y bloquea todas las armas de los hombres de Meryl.
Para destruir el JD necesita un arma potente que no este controlada por los Patriots y ese es el Metal Gear Rex de Shadow Moses. Una vez destruido el JD, el GW será suyo. Solid Snake llega tarde para descubrir que el cañon de Railes del Metal Gear ya ha sido robado. Solid Snake queda atrapado y logra inyectar a Vamp la jeringuilla que le dió Naomi, lo que anula sus nanomaquinas y hace que vuelva a ser un mortal. Vamp es derrotado por Raiden, y, Naomi, que tiene cancer anulado por las nanomáquinas se desactiva las nanomaquinas y acaba con su propia vida al decidir que ya la habia llegado la hora.
En el desenlace aparece Big Boss con Solid Snake que le explica todo lo ocurrido. Mata ante el a Zero y le explica que el cuerpo que consumió el fuego no era el suyo, sino el de Solidus Snake. P.D: Big Boss sigue vivo gracias a implantes del cuerpo de Liquid y Solidus y ha sido despertado por Naomi Hunter. Al final, Big Boss muere al lado de la mujer que mas apreciaba en el mundo, The Boss.
