Naomi nació en Rhodesia,Africa, allí vivió con su familia durante la Guerra Civil ya que el pueblo estaba siendo controlado por los británicos. En ese entonces, un agente perteneciente a la unidad FOXHOUND llamado Grey Fox, asesinó a sus padres. Frank, al ver lo que había hecho no pudo asesinar a Naomi Hunter, y la adoptó como si ella hubiese sido siempre su hermana para aplacar su sentimiento de culpa. Ésta cree que Grey Fox [Frank Jaeger] siempre ha sido su familiar y desconoce la verdad real.Naomi vivió un tiempo con Grey Fox, hasta que Big Boss los trasladaría a Estados Unidos. En 1999 Naomi Hunter se enteraría de la muerte de su “Hermano”, Frank, quien había perecido en las manos de Solid Snake durante una batalla en Zanzibar Land. Luego de aquel suceso, Naomi se mostró muy interesada por la Genética, ya que ésta le ayudaría a conocer su pasado, del cual ella no tenía muchos recuerdos.
Después de perfeccionarse y obtener un Doctorado, Naomi se unió a FOXHOUND, con la finalidad de tener una oportunidad de vengarse del asesino de su hermano, Solid Snake. Durante el año 2003 ella encubrió en incidente en un laboratorio genético en el que se devolvió a la vida a Grey Fox, mediante drogas y químicos, trasladando su cuerpo a un Exoesqueleto, donde su hermano asesinaría al Doctor Clark, jefe del departamento.Tiempo después siguiendo las órdenes de Richard Ames, ella terminó por perfeccionar el virus letal llamado FOX DIE.
En el año 2005 Naomi fue seleccionada para servir como parte de un grupo que ayudaría como soporte a Solid Snake, en una misión en las islas de Shadow Moses. Antes de que Solid fuera enviado a las islas, Naomi le inyectó una sería de vacunas que le ayudarían a soportar las bajas temperaturas y, sin que Snake lo supiese, también el letal Virus Fox Die.Durante la operación, un viejo compañero de Snake, Master Miller, [Quien en realidad era Liquid Snake Disfrazado], hizo que Naomi fuera puesta bajo arresto por Campbell acusandola de ser una espía y de no ser quien decía que era.
Después de perfeccionarse y obtener un Doctorado, Naomi se unió a FOXHOUND, con la finalidad de tener una oportunidad de vengarse del asesino de su hermano, Solid Snake. Durante el año 2003 ella encubrió en incidente en un laboratorio genético en el que se devolvió a la vida a Grey Fox, mediante drogas y químicos, trasladando su cuerpo a un Exoesqueleto, donde su hermano asesinaría al Doctor Clark, jefe del departamento.Tiempo después siguiendo las órdenes de Richard Ames, ella terminó por perfeccionar el virus letal llamado FOX DIE.
En el año 2005 Naomi fue seleccionada para servir como parte de un grupo que ayudaría como soporte a Solid Snake, en una misión en las islas de Shadow Moses. Antes de que Solid fuera enviado a las islas, Naomi le inyectó una sería de vacunas que le ayudarían a soportar las bajas temperaturas y, sin que Snake lo supiese, también el letal Virus Fox Die.Durante la operación, un viejo compañero de Snake, Master Miller, [Quien en realidad era Liquid Snake Disfrazado], hizo que Naomi fuera puesta bajo arresto por Campbell acusandola de ser una espía y de no ser quien decía que era.
Sin embargo, Liquid Ocelot hizo que Naomi escapara de la cárcel. La incluyeron en la lista de la CIA de los terroristas internacionales mas buscados.Ocelot la mantuvo prisionera y la obliga a analizar el sistema Sons of Patriots para buscar formas de piratearlo.Cuando Solid Snake la rescató en Sudamérica, le contó la verdad sobre los cambios en su cuerpo. El FOXDIE de Snake había mutado hasta un punto en que afectaría a todos los humanos, amenazando con transformar a Snake en un arma ambulante de destrucción masiva. Naomi se reunió con Sunny en el buque de transporte Nomad. Como huérfana, Naomi sentía un vinculo con Sunny, y como colega científica, también compartía con Hal Emmerich el sentimiento de soledad. Antes de dejar a Snake, Naomi dió a Sunny un programa informático incompleto.
Naomi había confiado a Sunny el FOXALIVE para que lo terminara. Cuando Sunny le dijo en Shadow Moses que lo había terminado, decidió que había llegado el momento de terminar con todo. La investigación genética la había expuesto a grandes dosis de radiación y sabía que no iba a vivir mucho tiempo. Se inyectó a si misma y a Vamp inhibidores de nanomáquinas, las cuales, los mantenían con vida, estos inhibidores provocaron que las nanomáquinas dejasen de funcionar, provocandole a ambos la muerte.
Solid Snake y sus camaradas asaltaron Outer Haven para cargar el FOXALIVE en el GW. El programa de Naomi destruyó no solo el GW sino también a JD, el principal neuro de IA de los Patriots. Frente a un estupefacto Otacon, apareció un video que Naomi había preparado para después de la destrucción de la red IA de los Patriots. El objetivo de Naomi era compensar por los pecados cometidos durantes sus investigaciones. La red de los Patriots utilizaba el programa de destino genético FOXDIE, y Naomi se sentía en parte responsable de su poder en todo el mundo. Agradecía a Hal haberle devuelto la alegría de vivir de nuevo, aunque fuera por poco tiempo, y con ello, el mensaje de Naomi acabo y se autodestruyó.
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